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Comment utiliser des jeux vidéo pour les recherches en biochimie structurale ?


SweetUnityMol est une extension d’un prototype pour la visualisation moléculaire (UnityMol)(*) qui utilise les moteurs de jeux vidéo Unity3D. Ce logiciel est développé avec la double ambition d’être utilisé aussi bien en tant que jeu scientifique qu’outil de recherche en biochimie structurale. Son développement a été pensé afin de prendre en considération toutes les spécificités des sucres comme les glycanes et les polysaccharides : l’identification et la classification des monosaccharides, leurs conformations, leur localisation au sein d’hélices simples, branchées ou multiples. Les représentations des éléments de structures secondaires, ainsi que leurs localisations dans des architectures macromoléculaires complexes constituent d’autres fonctionnalités de SweetUnityMol.
L’option « RingBlending » offre la possibilité d’associer une couleur, semi-transparente, à chaque monosaccharide, en accord avec les codes couleurs conventionnellement utilisés en glycobiologie.


© CERMAV

L’option « SugarRibbons » offre une simplification de la représentation géométrique. On retrouve les sucres identifiés par un code couleur qui peut être spécifique à chaque type de sucre. Ils sont ensuite reliés entre eux par des rubans qui peuvent être colorés selon la chaîne moléculaire ou le type de sucre. La position des atomes d’oxygène intra-cycliques est mise en évidence par des sphères rouges ce qui permet de bien visualiser le sens des chaînes de polysaccharides.



SweetUnityMol utilise les différents modes de représentation de structures de protéines et, dans le cas de glycoprotéines ou de complexes protéine-sucre, permet de mettre en exergue la nature et la localisation des sucres.

Référence

S. Pérez, T.Tubiana, A. Imberty, M. Baaden
Three-dimensional representations of complex carbohydrates and polysaccharides—SweetUnityMol : a video game-based computer graphic software
Glycobiology 1 décembre 2014
Doi : 10.1093/glycob/cwu133

Télécharger le logiciel (en libre accès)

Contact chercheur

Serge Pérez, Département pharmacochimie moléculaire – Grenoble

Contacts institut